Deine Frage lässt sich pauschal nicht beantworten. Die Wahl des geeigneten Warenwirtschafts- oder reinen Buchhaltungsprogramms etc. hängt schließlich von der Umgebung ab, in der es eingesetzt werden soll.
Mögliche Fragen bzw. Faktoren sind:
Welche Gesellschaftsform hat das Unternehmen/welche Buchführungspflichten?
Wieviele Mitarbeiter greifen auf das Programm zu/wieviele Lizenzen werden benötigt?
Auf welchem OS soll es laufen?
Handel, Handwerk, Industrie/welche weiteren Funktionen soll das Programm wahrnehmen...bspw. Personal, FiBu, Einkauf, Verkauf, Angebotswesen...?
Auf welche künftigen Umgebungsveränderungen soll das Proggi reagieren können/welche Module sollten nachrüstbar sein?
Über welche Reportfunktionen soll das Proggi verfügen?
WIEVIEL darf das Proggi kosten?
Welcher Support wird seitens des Herstellers benötigt bzw. angeboten/man denke an mögliche Crashs?
Mit/ohne Anschluss an Onlinebanking?
...
Grundsätzlich gibt es die üblichen Verdächtigen wie Sage
http://www.sage.de/, SAP
http://www.sap.com/germany/index.epx und Co. Zudem gibt es Programme, die speziell für bestimmte Umgebungen (bspw. bestimmtes Handwerk, Steuerberater unc Co -bspw. Datev
http://www.datev.de/portal/ShowPage.do?pid=dpi&nid=302, ...) entwickelt wurden/werden.
Du solltest Dich von einem Gründungsberater und/oder Steuerberater entsprechend beraten lassen.